Abordagens para a screening in silico
Esse screening in silico é baseado em duas abordagens que levam em consideração a estrutura de pequenas moléculas ativas (LBVS) ou a estrutura da proteína alvo (SBVS). Embora qualquer uma das abordagens possa ser selecionada, as duas abordagens podem ser usadas de maneira complementar:
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screening virtual in silico baseada no ligante (LBVS): usando uma estrutura de molécula conhecida, SELNERGY pesquisa os bancos de dados (GPDB e ligante ativo) para encontrar moléculas com estruturas 3D semelhantes, uma distribuição equivalente de carga eletrostática e uma atividade biológica conhecida. As moléculas encontradas pelo software são classificadas de acordo com a pontuação de similaridade e os candidatos com as melhores pontuações são selecionados. Essa técnica é baseada no pressuposto de que, se a estrutura química de duas moléculas for semelhante, suas atividades biológicas também serão semelhantes. Consequentemente, a atividade biológica de uma molécula de interesse pode ser prevista e os campos de aplicação podem ser definidos.
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screening virtual in silico com base na estrutura da proteína alvo (SBVS): usando um alvo biológico com uma estrutura química conhecida e conformação 3D (proteína, enzima), SELNERGY pesquisa os bancos de dados (GPDB e ligantes ativos) para encontrar moléculas que possam se ligar ao alvo de interesse. As moléculas encontradas pelo software são classificadas de acordo com a pontuação de similaridade e os candidatos com as melhores pontuações são selecionados. Este método permite descobrir compostos que podem potencialmente modular a atividade biológica do alvo.
Da mesma forma, usando uma molécula com uma estrutura química conhecida, SELNERGY procura possíveis alvos biológicos nos bancos de dados. Essa “interação inversa” permite predizer a atividade biológica de uma molécula de interesse e, conseqüentemente, suas aplicações cosméticas.