La quantité de données générées suite à une expérience d’étude du transcriptome complet à partir de puce à ADN Affymetrix peut rendre l’analyse et l’exploitation des résultats complexes. Bioalternatives propose de vous accompagner tout au long des différentes étapes de l’analyse bioinformatique.
Traitement de données brutes issues d’une analyse analyse du transcriptome par puce Affymetrix
Les données brutes correspondant à la traduction des intensités de signal en valeurs numériques sont générées sous forme de fichier .CEL, format spécifique aux plates-formes Affymetrix. A ce stade, les données brutes sont centralisées sur un serveur dédié et relié au LIMS de Bioalternatives afin d’en assurer la traçabilité et la sécurisation. Les données brutes vont également faire l’objet d’un contrôle qualité du marquage et des hybridations ainsi que d’une première étape de normalisation à l’aide du logiciel dédié Expression Console™ Software.
Analyses standard des données
Une analyse bioinformatique réalisée à partir de calculs de fold change et de tests statistiques permettra de mettre en évidence les gènes significativement modulés entre différentes conditions. Ce premier niveau d’exploitation des données est accompagné de représentations graphiques générées à partir d’Affymetrix® Transcriptome Analysis Console (TAC) Software.
- classement gènes modulés (up/down)
- scatter plots (illustration des effets globaux)
Et en option :
- d’un diagramme de Venn
- d’ une analyse statistique (moyenne, ANOVA ou t-test)
Analyse fonctionnelle basique : processus biologiques
Une exploitation bioinformatique plus approfondie effectuée à partir de la base de données D.A.V.I.D. (Database for Annotation, Visualization andIntegrated Discovery) va permettre d’identifier les processus biologiques les plus impactés.
Analyse fonctionnelle avancée : pathway et clustering
Une analyse bioinformatique plus approfondie réalisée à l’aide du logiciel IPA (Ingenuity Pathway Analysis) de Qiagen, va permettre d’identifier les voies de signalisation les plus impactées et, lorsque cela est possible, de prédire leur sens de modulation.
